O uso de pesticidas em aquaponia é um assunto muito delicado, e vimos o lado bom e o lado ruim do uso de pesticidas em sistemas aquapônicos. Existem muitas opiniões sobre o uso de pesticidas, todos com vários graus de validade. Não importa o que eles digam, Contudo, todas essas opiniões se resumem a um único fato: O manejo de pragas químicas em sistemas aquapônicos deve ser abordado com cautela, pensativamente e com cautela, se você está usando um remédio caseiro ou um produto comercial.