Os nutrientes são um dos aspectos mais excitantes, mas ainda misteriosos, da aquaponia. Para peixes, isso está principalmente relacionado à comida, que o produtor fornece. Para plantas, os nutrientes vêm principalmente da comida fornecida aos peixes. Contudo, algumas alterações, como ferro, cálcio, e o potássio pode ser necessário, uma vez que esses nutrientes não costumam ser encontrados na comida dos peixes. Nutrientes Os peixes produzem amônia, a maior parte entra na água pelas guelras